平成6年4月
    大学院工学研究科エネルギー応用工学専攻新設
    8講座(専任講座1、基幹講座7)編成。学生定員修士課程35名、博士後期課程8名。
    機械系、金属系、原子核工学教室が参画。また、原子炉実験所、メゾ材料研究センターの一部が協力講座として協力。
    同時に、これらの基幹講座は工学部を兼担し、物理工学科エネルギー理工学コースエネルギー応用工学(サブ)コースを構成。
   
  平成6〜7年
    総合エネルギー科学研究科(後に、エネルギー科学研究科と名称変更)構想が大学で提起され、エネルギー科学研究科設置準備室が発足
   
  平成8年4月
    大学院エネルギー科学研究科新設
    4専攻(エネルギー社会・環境科学専攻エネルギー基礎科学専攻エネルギー変換科学専攻エネルギー応用科学専攻)の編成。学生定員;修士課程109名、博士後期課程49名。
    これには、工学研究科(エネルギー応用工学専攻、資源工学専攻、物質エネルギー科学専攻)、理学部、農学部、経済学部、原子エネルギー研究所、ヘリオトロン核融合研究センターが参画。
    エネルギー科学研究科の多くの講座、分野は学部を兼担し、他の研究科と同じ立場で学部教育も行っている(現在の兼担学科等:工学部物理工学科、同地球工学科、同工業科学科、同電気電子工学科、理学部、農学部森林科学科)。
    同時に、エネルギー理工学研究所が、原子エネルギー研究所、ヘリオトロン核融合研究センターを基礎にして設置され、原子炉実験所(現 複合原子力科学研究所)、総合人間学部(人間・環境学研究科)の一部の部門、講座とともに、エネルギー科学研究科の協力講座となる。
     
  平成10年4月〜平成12年3月
    寄附講座(エネルギー社会システム計画(関西電力)講座)設置
     
  平成14〜18年度
    エネルギー科学研究科、エネルギー理工学研究所及び生存圏研究所によって、文部科学省21世紀COEプログラム「環境調和型エネルギーの研究教育拠点形成」を推進した。
     
  平成17年4月
    先端エネルギー科学研究教育センター設置
    エネルギー科学研究科附属の研究・教育施設として、先端エネルギー科学研究教育センターが設置された。
     
  平成18年5月
    大学院エネルギー科学研究科創立および理工学研究所改組10周年記念事業開催
     
  平成20〜24年度
    エネルギー科学研究科、エネルギー理工学研究所、工学研究科原子核工学専攻及び原子炉実験所によって、文部科学省グローバルCOEプログラム「地球温暖化時代のエネルギー科学拠点」を推進した。
     
  平成22年4月〜平成26年3月
    寄附講座(太陽電池シリコン結晶科学講座)設置
     
  平成28年9月
    エネルギー科学研究科20周年記念 「エネルギー科学教育に関する国際ワークショップ」 開催
    エネルギー理工学研究所20周年記念 「ゼロエミッションエネルギー研究拠点国際シンポジウム」開催
     
  平成30年4月
    国際先端エネルギー科学研究教育センター設置
    国際先端エネルギー科学研究教育センターが、先端エネルギー科学研究教育センターを基盤にして設置された。