縁起は藤原氏の極楽寺にさかのぼる。 　徳治二年（１３０７）日蓮の法孫日像は，京都布教中に洛外へ追放された。 　その時，真言寺（向日市）で，時の極楽寺住持良桂と三日三晩の宗論を行い，良桂は屈服した。 　極楽寺を法華道場に改め，日像を開山に仰ぎ，自らは二世になった。 　日像は京都妙顕寺で没する（康永元年　１３４２）が遺言により，ここで荼毘にされた。 　また，日蓮，日朗の遺骨も納められているので，西身延，巽の霊山とも呼ばれている。 　天正十八年（１５９０）妙顕寺日尭の弟子日銀は八世をつぎ，荒廃した諸堂の再建に着手。　 　本堂（重文）は，京都大仏殿建立の余材が，寄進され，慶長十三年（１６０８）落成した。 　この時，寺名は鶴林院常寂寺から，深草山宝塔寺に改められた。 　仁王門は宝永８年（１７１１）創建で，向かって右の仁王が密迹（みっしゃく）金剛，左が那羅延（ならえん）金剛である。 　本堂北側の参道を上ると七面社を通って，深草墓園に至る眺望の良いハイキングコースである。
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